主にセックスやそれに類似する行為によって傷ついた皮膚や粘膜からウイルスが侵入することによって感染します。ですから、多くの性的接触がある人ほど、感染する機会が多いといえます。

尖圭コンジローマは感染してから症状があらわれるまでに時間がかかります。パートナーが長期間一定している場合以外は、誰から感染したのかわかりません。感染した時期や経路についての詳細は、特徴と症状［男性］ 特徴と症状［女性］をご覧ください。

「性感染症の予防にはコンドーム」とよくいわれますが、尖圭コンジローマの病変はコンドームでカバーできない広い範囲にあることがあり、完全には感染予防ができません。コンドームによる予防についての詳細は、パートナーへの感染をご覧ください。

ほとんどがセックスやそれに類似する行為によって感染しますが、医療従事者の手指・器具などを介して感染することも、まれにあるようです。