尖圭コンジローマは、目に見えるイボがなくなったとしても、3ヵ月以内に約25％は再発するといわれています。再発は潜伏しているヒト乳頭腫ウイルス（ヒトパピローマウイルス：HPV）が、時間を経て新たなイボとなることにより起こります。
尖圭コンジローマの治療後約3ヵ月間は、病院に通って再発していないかを確認してもらう必要があります。

尖圭コンジローマはウイルスが原因で起こる病気です。そのためウイルスに対する抵抗力である「免疫力」が高まればウイルスの活動が抑えられ、症状（イボ）が出にくくなると考えられます。疲れやストレスをためこまないことや風邪などで体力を落とさないことも、再発を予防するための重要なポイントです。