子宮内膜症の病状が進むに従い、卵管と卵巣、子宮、腸管などとが癒着を起こしやすくなり、卵巣からの卵子の放出や卵管采からの卵子の取り込み、卵管内の受精卵の移動などが妨げられるようになり、妊娠しにくくなると考えられています。また、子宮内膜症は骨盤腔内に慢性炎症状態を引き起こすので、それに伴って産生される物質が受精や着床を妨げることもあります。ただし、子宮内膜症があると必ず不妊症になるというわけではありません。子宮内膜症があっても妊娠できる人は大勢います。